Pomysł z osłabieniem darmowych atutów jest niezły, chociaż nie wiem, czy to trochę nie gryzie się z samym założeniem tych zasad domowych.
Można to rozwiązać w ten sposób:

• Power Attack, Piranha Strike i Deadly Aim dają o premię +1 do obrażeń za -1 do ataku. Jeśli obrażenia miałyby być powiększone o 50%, dostajemy +2 za -1 do ataku, a jeśli zmniejszone o 50%, dostajemy +1 za każde -2 do ataku (czyli musimy mieć minimum BAB +4, żeby cokolwiek to dało)
• Combat Expertise działa jak przedtem, bo inaczej nie różniłoby się od słabszego defensive combat
• Weapon Finesse i Agile Maneuvers działają normalnie

Sama idea dawania darmowych atutów nie ma na celu czystego wzmocnienia postaci, a bardziej pozwolenia na wyjście poza swoją specjalizację, którą tak jak Rodryg zaznaczył, PFowa mechanika mocno premiuje. Buildy zrobione pod konkretną taktykę i tak wymagałyby ich wzięcia, więc mając je od razu, mają możliwość poszerzenia sobie wachlarza możliwości, czy to w walce, czy poza nią.
Większość postaci walczących a nie mających dostępu do magii to takie one-trick pony - robią jedną rzecz i chociaż robią to świetnie, dalej robią tylko to. Mając ten atut czy dwa więcej, plus szerszy zakres manewrów, postać dalej będzie mistrzem w swojej sztuczce, ale będzie mogła zrobić coś innego w miarę skutecznie.

Odnośnie czaromiotów, Heighten Spell rzeczywiście mogłoby zostać darmową opcją, oczywiście przy założeniu, że nie kumuluje się z innymi atutami metamagicznymi. Pozostawiłbym jednak wydłużony czas rzucania dla spontanicznych casterów, skoro prepared casterzy i tak musieliby ten czar przygotować na wyższym poziomie.
Co do Silent i Still Spell, to moja propozycja:

Discreet Spell (Metamagic) Benefit: A discreet spell can be cast without either verbal or somatic components. Spells without those components are not affected. Spellcaster may choose whether he wants to cast the spell without one of those components, or both of them. Level Increase: +1 (one component) or +2 (both components) (a discreet spell uses up a spell slot one or two levels higher than the spell’s actual level.) Special: Bard spells cannot be enhanced by this feat to be cast without verbal components.

I opcja dla psychic magic (ktoś ma lepszy pomysł na nazwę? ):

Disciplined Spell (Metamagic) Benefit: A Disciplined spell can be cast without either emotion or thought components. Spells without those components are not affected. Spellcaster may choose whether he wants to cast the spell without one of those components, or both of them. Level Increase: +1 (one component) or +2 (both components) (a Disciplined spell uses up a spell slot one or two levels higher than the spell’s actual level.)